Когда в 1996 вышел «Firestarter», Лиам сказал, что это экспериментальный трек, но он оказался существенным прорывом для группы. Сингл занял первые места в чартах по всему миру. Затем был выпущен менее коммерческий «Breathe». Когда 30 июня 1997 был выпущен третий альбом «The Fat Of The Land» он оказался на вершине хит парадов 22 стран. За первые 3 недели было продано более 2.5 миллионов копий диска по всему миру. Впоследствии этот альбом разошёлся тиражом более 7 миллионов копий. Их концертные выступления были провозглашены лучшими шоу.
1998—1999 года — оказались довольно тихим периодом в бурной жизни The Prodigy. Они заявили, что «не хотят быть настолько популярной и коммерческой группой, но несмотря ни на что, они продолжают расти и развиваться», о чём свидетельствует постоянный рост количества интернет-сайтов о The Prodigy. Кстати, Лиам как то заявил: «Я ненавижу Интернет. По-моему это большая куча дерьма. Горы ненужной информации».
В 1999 году Лиам, наконец, воплотил мечту всей своей жизни, выпустив сольный DJ альбом-микс «The Dirtchamber Sessions Volume One». Диск содержит личные треки таких известных групп, как «Beastie Boys», «Grandmaster Flash» и многих других. Альбом был тепло принят в фанатской среде, но тем не менее не оказался особо коммерчески успешным. В том же самом году во время проведения мотоциклетных гонок Кит Флинт попадает в серьёзную аварию, в которой повреждает колено.
В 1999 году выходит саундтрек к порнофильму «The Uranus Experiment Part Three: Back To Earth!» — «Titan», который Лиам написал совместно с «3D» из группы «Massive Attack»
4 апреля 2000 года группу покинул её бессменный танцор Лирой Торнхилл. По заявлениям самого Лироя, сделал он это по собственной воле для того, чтобы начать сольную карьеру (под псевдонимом «FlightCrank»). Лирой выпустил с тех пор один альбом и увлёкся ди-джейством, именно в качестве ди-джея Лирой стал частым и долгожданным гостем в России.
В 2001 году The Prodigy переиздают свой дебютный альбом «Experience». Теперь он представляет из себя двудисковое издание: на первом диске размещается собственно сам альбом, а на втором — би-сайды и ремиксы того периода. Релиз носит название «Experience: Expanded».
После долгого молчания (впервые с 1997 года), в 2002 году выходит второй мини-альбом группы «Baby's Got A Temper», от которого Лиам Хаулетт впоследствии отрекался. Как стало известно позже, песню написала группа «Flint», которую создал Кит Флинт, но которая затем распалась, так и не выпустив своего первого альбома. Кит же исполнил полностью вокальную партию в треке.
