17 октября 2005 года выходит пятый альбом, который представляет собой сборник лучших хитов группы. Альбом выпускается в двух вариантах: обычном и лимитированном. На первом издании представлены только синглы группы, причем, вместо «Voodoo People» была записана новая версия «Voodoo People ('05 Edit)», а «Their Law» был заново отредактирован и получил название «Their Law ('05 Edit)», но в отличие от «Voodoo People ('05 Edit)», он был просто сокращен. Лимитованный же вариант был выпущен в формате 2CD. На первом диске, так же как и на оригинальном издании, записаны хиты, а на втором, концертные записи и несколько эксклюзивных треков, таких как: «Razor», «Back 2 Skool», «Voodoo People (Pendulum Remix)», «Under My Wheels (Remix)», «No Man Army (Edit)», «Voodoo Beats», «Out Of Space (Audio Bullys Remix)» и «The Way It Is (Live Remix)».
В 2006 году выходит сборник «Back To Mine: Liam Prodigy», в котором были собраны любимые треки Лиама от других исполнителей. В качестве бонуса была представлена студийная запись трека «Wake The Fuck Up», который исполнялся только на концертах.
В 2007 The Prodigy выпускают трек «First Warning», который до этого игрался только вживую. Студийная версия, отличающаяся от концертной, была выпущена саундтреком к фильму «Smokin' Aces». В этом же году группа выпускает 3 трека: «Shadow», «Shadow Of The Devil» и «The Shadow». Все они, кроме похожих названий, имеют общую структуру и представляют собой немного изменённые версии друг друга. Shadow (6:54) вышел саундтреком к игре «Project Gotham Racing 4», Shadow Of The Devil (2:59) появился на сборнике саундтреков к английскому фильму ужасов «Reverb», а The Shadow (4:07) стал звуковой дорожкой к аниме «Vexille».
4 августа 2008 года в свет выходят ремастированые переиздания двух первых альбомов: «Experience» и «Music For The Jilted Generation». Переиздания получили названия «Experience Expanded Remastered» и «More Music For The Jilted Generation». Оба альбома представляют собой двудисковые издания. На первых дисках находится ремастеринг самих альбомов, на втором — ремастированые треки, относящиеся к тем эрам. Особенно интересны неизданные ранее треки: «Out Of Space (Live From Pukkelpop 2005)» с «Experience Expanded Remastered» и «Break & Enter (2005 Live Edit)», «Voodoo People (Radio 1 Maida Vale Session)», «Poison (Radio 1 Maida Vale Session)», «Their Law (Live At Pukkelpop)» c «More Music For The Jilted Generation».
